Roberto Linhares foi preso pela Polícia Federal em 2005 acusado de comandar um esquema de corrupção que teria desviado R$ 50 milhões do Cofen. Na época, gestores dos conselhos de vários estados, entre eles, Hortência Linhares (que presidia o Coren/SE), foram acusados de integrar a quadrilha. Depois de várias tentativas, ele ganhou o direito de ficar em liberdade até o julgamento do processo. Seu registro profissional foi cassado.
Em 2010, Hortência Linhares e outras pessoas que exerceram cargos na direção do Coren foram denunciados pelo Ministério Público Federal (MPF/SE) por diversos crimes, entre os quais dispensa indevida de licitação, peculato e ordenação de despesas não autorizadas.
O casal havia sido condenado e os mandados de prisão foram expedidos pela 6ª Vara Criminal da Justiça Federal, do Rio de Janeiro.